广州医科大学拥有两个校区，分别是番禺校区和越秀校区。这两个校区在地理位置、学科设置等方面存在一定的区别。

地理位置：番禺校区位于广州市番禺区市桥镇，距离广州市中心约30公里，占地面积约为2000亩，是广东省内最大的医学院校之一。而越秀校区则位于广州市越秀区，距离广州市中心约5公里，占地面积约为50亩，是广东省内规模较小的医学院校之一。

学科设置：番禺校区设有临床医学、口腔医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等学科，而越秀校区则设有中医学、康复医学、医学技术学等学科。可以看出，两个校区的学科设置有所不同，各有侧重，共同构成了广州医科大学的完整学科体系。

综上所述，广州医科大学的两个校区在地理位置和学科设置方面存在明显的区别。选择哪个校区进行就读，需要根据自己的兴趣和职业规划来决定。