如果您购买的商铺是商业辅助房，需要申请办证，您可以按照以下步骤来办理。

1.准备材料：需要准备的材料包括《房屋产权证》、购房合同、购房发票等相关证明文件，以及营业执照、税务登记证、组织机构代码证等企业证明文件。

2.提交申请：将准备好的相关材料携带到当地的房产管理部门或者工商行政部门进行申请。一般情况下，您需要填写一份《商业辅助房办证申请书》，并提交相关材料以备审核之用。

3.审核审批：根据当地的政策法规，房产管理部门或者工商行政部门会对您提交的申请材料进行审核审批，并最终给出是否批准的结果。如果审核通过，您需要缴纳相应的办证费用和税费，然后领取相应的证明文件。否则，您需要按照要求进行整改，重新提交申请。

需要注意的是，因为不同地区的政策和要求可能会有所不同，所以在具体操作前，最好先到当地的部门了解相关的政策和程序，以免出现因为不了解政策而影响到您的申请。