有区别，区别在于，菊黄豚和暗纹豚在外观和特性上有一些显著的区别。

菊黄豚的体色主要为深黄色，腹面则为白色，其体背面与腹面均被较强小刺，背刺区与腹刺区分离，背刺区呈舌状。

而暗纹豚的体色较为普通，其特点在于背部自鼻孔后方至背鳍前方，以及腹部自鼻孔下方至肛门前方，这些部位的皮肤上都被有刺状的小鳞，同时背部还有数条浅色条纹。因此，通过观察它们的体色和刺状特征，我们可以轻易地区分菊黄豚和暗纹豚。