深圳应急车道扣6分罚3000元的规定是合理的。应急车道是为了应对突发情况而设立的通道，车辆不得随意占用，以确保救援车辆畅通无阻，保障人民的生命安全。扣6分并罚款3000元的措施是为了提醒驾驶员严格遵守交通规则，减少违规占用应急车道的行为，同时惩罚违法行为，起到警示作用。这样的规定能够有效维护交通秩序，保障公共安全，因此是合理的。