水芹可以净化水质。水芹对污水中的磷具有较强的净化效果，净化率随温度的升高而增加。水芹可以明显降低污水中还原性物质含量，吸收率达到90％以上。此外，水芹还可以在污水净化中应用，其化学需氧量（COD）、总氮（TN）、总磷（TP）是衡量水污染程度最主要的指标。小规模试验和大规模示范表明，水芹净化能力较强。水芹对水体中TN、TP和COD处理能力较高。