挖好深6米多的地坑院，需要做一系列的防渗和排水措施。人们首先会在窑洞顶和入口处设置挡水坎，防止地面积水流入地坑。为了防止地坑院四周的积水流入院内，四周都砌有拦马墙和青瓦房檐。为了防止雨水渗漏，窑洞顶还要在雨天后碾压平整。

为了应对极端降雨情况，院内挖有渗水井，用于蓄积雨水和排污水。渗水井形似葫芦，上口径约1米，下口径约2—3米，深度和天井的高度一样，在井的下方垫上炉渣形成一个过滤层，院子中的雨水和生活污水就收集在渗水井里。

因为黄土有极强的吸水性，收集的雨水和生活污水大部分被黄土吸收，剩余的经过澄清之后，可以用于洗衣服、喂牲口。