对于两层楼地暖系统，最好使用两个独立的泵，一个泵控制每一层的供暖循环。这样可以有效提高水流速度和循环效率，保持每层的供暖温度均匀稳定。同时，独立的泵可以更精确地控制每一层的供暖需求，减少能源的浪费。总而言之，使用两个泵对于两层楼地暖系统来说更加合适和有效。