在职教师可以持有股权证书确权。根据相关法律规定，教师可以担任有限责任公司的股东，尽管他们享有不低于公务员的待遇，但不属于国家公务员范畴。

国家公务员不可以兼任企业或营利组织的职务，而《教师法》和《教师职业道德规范》中并没有明确禁止教师成为股东。因此，在职教师可以持有非上市公司的股份，并进行股权证书确权。