在处理三层自建房地基位于全岩石上的情况时，基础施工的关键在于确保地基的稳定性和承载能力。以下是一些基本的步骤和建议：

地质勘察：首先，进行地质勘察以了解岩石层的性质、厚度、承载力等。这将有助于确定合适的基础类型和深度。

设计基础：根据地质勘察结果，设计适合的全岩石基础。常见的基础类型包括岩石锚固基础、岩石挖孔桩基础等。设计时应考虑地基的承载能力、变形要求以及建筑物的荷载。

施工准备：在施工前，清理施工现场，确保岩石表面平整、无杂物。同时，准备好所需的施工材料和设备。

基础施工：按照设计要求进行基础施工。对于岩石锚固基础，需要在岩石上钻孔并注入锚固剂；对于岩石挖孔桩基础，需要在岩石上挖孔并浇筑混凝土桩。施工过程中，应确保孔洞的直径、深度等符合设计要求，并确保混凝土的浇筑质量。

基础检测与验收：完成基础施工后，进行基础检测以评估基础的承载能力和变形情况。如果检测结果符合要求，则进行验收并准备进行上部结构的施工。

需要注意的是，具体的施工方法和步骤应根据地质条件、建筑物荷载以及当地建筑规范来确定。因此，在进行三层自建房地基位于全岩石上的基础施工前，建议咨询专业的结构工程师或地质工程师，以确保施工的安全和有效性。