是的，充电仓的耳机可以分开使用。

以苹果的AirPods为例，两只耳机都可以独立使用。当只使用一只耳机时，如果这只耳机没电了，可以把没有电的这只放回充电盒充电，然后另一只有电的耳机可以继续使用。同时，蓝牙耳机和充电仓能分开充电，也能一起充电。给蓝牙耳机充电仓充电时，耳机可以不拿出去也可以拿出去。不拿出去时，充电仓和耳机可以同时充电。

不过，不同品牌和型号的耳机可能在设计上存在差异，因此在使用时最好参照产品说明书或联系客服获取更详细的信息。