mRNA上游和下游是基因序列中两个位置的概念。上游指的是基因序列的起始位置，也就是基因的5'端，而下游则指基因序列的末端位置，也就是基因的3'端。区分它们的一个简单方法是通过查看基因序列的方向，从5'端到3'端依次排列，这样可以确定基因的上游和下游位置。

通常，在基因表达的调控中，上游和下游的元件可以对基因转录的起始和终止位置，以及转录速率产生较大的影响。因此，准确的区分上游和下游位置对于基因调控的理解和分析非常重要。