如果发现有人在小超市内居住，应该及时向有关部门报告并进行处罚。对于居住行为，可以采取如下措施进行处罚：

首先，责令当事人立即搬离，如果不听劝阻可采取驱离措施；

其次，对于违规行为应当从轻到重进行处罚，如警告、罚款、行政拘留等；

最后，加强检查和巡逻力度，确保小超市内不再出现居住行为，做到事前预防和事后处罚相结合。这是维护社区安全和小超市经营的必要措施。