违章扣6分处罚1000元的具体办理地点取决于具体违章情况所在地的交通管理部门，建议您查询当地交通管理部门的官方网站，或咨询当地交管部门的窗口服务人员。

一般情况下，罚款可以在当地交管部门的窗口办理，而扣分则需要在驾驶员所在的道路运输管理部门（车管所）办理。