支付宝元宝保险的理赔流程如下：

首先，被保险人需要在支付宝APP中的“我的保险”模块中点选“理赔申请”，填写理赔申请表并上传相关证明文件，如医疗证明、警方报案等。

然后，保险公司会进行审核，如需要进一步的资料，会联系被保险人。

最后，如果审核通过，保险公司会将理赔款项直接打入被保险人的支付宝账户中。