就业协议不属于毕业生档案材料的一部分，所以是不会装在档案里面的。当然等毕业生毕业后档案放在人才市场或者具体的工作单位后就变成人事档案，人事档案在非体制内的单位工作，可以将工作材料进行归档，以此来证明有过相关的经历，而这个工作材料可以是劳动合同或入职，解除劳动关系合同证明。