如果公司欠个人运费，个人可以通过以下方式起诉：

1. 寻求法律援助：个人可以寻求法律援助机构的帮助，获得法律咨询和代理服务。

2. 聘请律师：个人可以聘请律师起诉公司，律师可以帮助个人准备诉讼文件，代表个人出庭，代表个人与公司进行交涉。

3. 提起民事诉讼：个人可以向当地法院提起民事诉讼，起诉公司支付欠款。在诉讼过程中，法院将根据相关证据和法律规定进行审理，并做出终审判决。

4. 寻求和解：除了起诉，个人也可以通过和解的方式解决纠纷。个人和公司可以协商达成赔偿协议，避免长时间的诉讼过程。

无论选择哪种方式，个人都应该保留与案件相关的所有证据，如合同、收据、通信记录等，并寻求专业法律意见。