农村三大员养老金除政府部门的交纳外，剩余资金是不能由村集体报销的。根据《养老保险法》及相关政策，农村三大员养老金的缴费和使用是由政府进行管理，包括养老金的计算标准、缴费比例、领取条件和方式等都是由政府机关规定的。村集体没有权力随意进行养老金的支配和利用。在具体操作上，养老金的发放是直接由政府机关向符合条件的农村三大员人员发放，村集体不具有参与养老金发放和管理的权限。