X99主板开机慢的三种原因：Bios加载设置时间过长、Windows启动项过多、硬件连线不稳定。

解决方法：

1.减少Bios设置项，如禁用不必要的设备、减少启动项；

2.清理Windows启动项，如卸载不必要的软件、关闭不必要的服务；

3.检查硬件连接是否牢固，如内存、显卡、硬盘等并拔插重新连接。注意：对机器硬件进行操作需谨慎，如不熟悉，尽量请专业人士进行维修。