基因工程限制酶切割位点可以通过计算DNA序列，寻找与特定酶的识别位点相匹配的序列来判断。限制酶通常识别特定的短序列，并在该序列的特定位置剪切DNA链。通过使用计算工具或软件，可以快速识别和预测DNA序列中的限制酶切割位点。

另外，还可以进行实验验证来确保特定的限制酶能够在所预期的位点进行切割。