报恩塔的来历并不十分明确，当地居民和专家们的说法也不一。

一种说法是，古人为了纪念恩人而修建了这座塔，因此称之为报恩塔。

另一种说法是，该塔所在地原本是报恩寺，因此得名报恩塔。而根据《闽都记》的记载，报恩塔院在宋太平兴国二年升为寺，明道中始为禅刹。但现在这座塔已经废弃，并与南涧寺合并。总的来说，藏龙涧报恩塔的具体来历并不清楚，但可以推测它应该是一座历史悠久的古塔，具有一定的文化价值。