工程飞检扣款的返还时间视具体情况而定。一般来说，如果飞检结果合格，扣款将在15个工作日内退还给承包商。如果飞检结果不合格，扣款将用于整改工程质量。整改完成后，承包商需要向监理单位提交验收申请，经监理单位验收合格后，扣款才能返还。因此，工程飞检扣款的返还时间与飞检结果、整改情况和验收进度等因素相关。