楚留香的武功被他的师父废了。师父认为楚留香的心性不稳定，缺乏慈悲之心，不能掌握好武功，便将其废去。

为了让楚留香认识到武功与人格修养之间的关系，师父还让他去领悟“惟有慈悲为怀，方能无往而不胜”的道理。

楚留香最终在心性上得到提高，悟得了更高深的武功，也学会了怀慈之心，成为了更加完整的人。

师父的废武之举虽然痛苦，但也为楚留香的成长打下了良好的基础。