公司购买的机动车如果用于自身运营，那么机动车的增值税专用发票中会有两联，一联为发票联，另一联为抵扣联。对于这一部分，公司需要将发票联交给会计进行账务处理并装订在记账凭证后面。而抵扣联则由公司自行保管，用作后续在国税网上进行抵扣或拿到税局进行抵扣的操作。由于车辆购置税已经单独缴纳，且通常会有完税证明，因此这部分可以在企业所得税税前通过计提折旧的方式进行抵扣。