灵活社保与农保（农村社会保险）之间存在几个主要的差异：

1. 针对人群：农保主要是针对农村户口的居民提供的养老保险。社保，也就是我们通常说的社会保险，包括了职工社保和居民社保。其中，职工社保是用人单位与劳动者之间签订的，目前许多地方要求用人单位必须为员工缴纳这种社保。

2. 缴纳方式：居保通常是按年集中缴纳的，一般都是在每年的最后一个季度缴纳下一年度的保险费。而灵活就业人员的社保一般为逐月缴纳。养老保险还可以在一个社保清算年度内向前缴纳，例如在6月份一次性缴纳过去一年的养老保险费。

3. 制度类型：虽然灵活就业人员可以选择参加“企业职工基本养老保险”，但他们与企业职工参加的都是同一种制度，不存在“灵活就业人员社保”和“职工社保”的不同制度。即便是参加城乡居民养老保险，也不存在跨制度转移的情况。

4. 保障内容：社保分为职工社保与居民社保，其中职工社保包含了职工医保。居民社保则包含了城乡居民医保，城乡居民医保又进一步分为城镇居民医保和新农合。