可以同时办理港澳通行证和护照。在深圳，可以在当地的出入境管理部门或旅游代理机构进行办理。

办理港澳通行证需要提供相关的证明材料和照片，按照规定填写申请表格，缴纳相应的费用，然后按流程进行审批和制作。而护照的办理流程也类似，需要提供身份证明、照片和申请表格等材料，并缴纳相应的费用。

在办理时，可以分别填写申请表，并分别提交材料，以完成两个证件的办理。同时，也可以在同一窗口或不同窗口领取申请表填写后，分别交到窗口办理即可。

总之，如果已预约办理港澳通行证，也可以同时办理护照，但需要按照相关规定和流程进行办理。