区别在于两者的酿造方法以及所用原料不同。

具体来说：1. 酿造方法：庐州老窖C2酒采用传统的坑窖工艺酿造，需要进行多次发酵、蒸馏和陈放等环节，整个酿造历程长达数年之久，而C6酒则采用了现代工艺，整个酿造过程较为简洁高效，所需时间较短。

2. 原料：C2酒主要采用五穀为原料，如小麦、玉米、大豆、高粱、稻米等，而C6酒则以优质的红高粱为主要原料，经过多次混配、精制而成。

总之，庐州老窖C2酒和C6酒在酿造方法和原料选择上都有所不同，因此它们的口感、品质和价格等各方面也有区别。