如果快递公司在运送报销文件过程中丢失了，应当立即联系相关快递公司进行投诉，并提供报销文件的相关文件，让快递公司进行查找，并寻求合理解决方案。

在实际赔偿过程中，需要根据快递公司的规定或者相关法律规定，确定赔偿标准和赔偿金额。所以，保持联系并合理协商是解决快递丢件问题的最佳方法。