根据《深圳市住房公积金管理条例》的规定，深圳市住房公积金管理中心有关部门应当及时核实、调查和处理和员工缴存和提取有关的事项，但是该条例没有明确规定公司需要补缴几年公积金。因此，具体情况需要根据公司与员工签订的劳动合同以及相关法律法规来具体判断。建议您咨询专业人士或当地住房公积金管理中心的工作人员。