1、申请对象不同：保障房的申请对象是本市城镇低收入住房困难家庭，而公租房的申请对象不受区域与户籍限制。

2、收入限制标准不同：主城区申请保障房的收入限制标准为家庭人均月收入低于450元；申请公租房的收入限制标准为单身人士月收入低于2000元，家庭月收入低于3000元。

3、交纳的租金不同：保障房月租金标准约为0.8—1.2元/㎡。公租房的租金标准根据贷款利息、维护费等因素而定，不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%，并实行动态调整。