小米自然风M1和M3是两款不同的空调产品，它们在多个方面存在一些差异。

首先，从外观设计上看，虽然两款空调的整体风格可能相似，但细节之处还是有所不同，例如遥控器的设计、颜色搭配等，这些都会给用户带来不同的视觉体验。

其次，它们的性能参数也有所区别。例如，功率消耗方面，M1可能采用一级能耗设计，而M3可能采用三级能耗，这意味着在长期使用中，M1的能耗表现可能会更优秀。此外，循环风量也是两款空调的一个差异点，M1的循环风量可能稍大于M3，从而带来更快的制冷或制热效果。

再者，它们的功能特点也各有不同。小米自然风M3可能更注重舒适性体验，采用了数字变频技术、卧室睡眠模式等多项技术，确保室内温度精确控制，同时带来更加舒适的空气流通效果。而M1则可能在其他方面有其独特之处，例如噪音控制、耐用性等。

最后，从价格上看，由于性能、功能等方面的差异，M3的价格通常会高于M1。但具体价格还会受到市场供需、促销活动等因素的影响。

总的来说，小米自然风M1和M3在外观设计、性能参数、功能特点以及价格等多个方面都存在差异。用户在购买时可以根据自己的需求和预算进行选择。