尼罗河以西的西部沙漠又叫利比亚沙漠。它是世界最大的沙漠——撒哈拉沙漠的一部分，约占埃及面积的2/3。它的南部海拔350~500米，大吉勒夫高原海拔1000米左右，中部和北部多洼地，以盖塔拉洼地面积最大。有地下水的洼地形成绿洲。 尼罗河以东的东部沙漠，亦称阿拉伯沙漠。它直逼红海之滨，地势由东向西倾斜，红海沿岸多山，海拔1500米左右。