医保亲情卡在医院的使用确实通常是在窗口进行。在使用医保亲情卡时，患者或患者家属需要向医院窗口出示医保电子凭证，然后通过医保电子凭证进行结算。如果用户想要使用医保亲情卡，需要先激活和绑定该卡，然后在结算时使用扫码设备扫描医保电子凭证的二维码进行支付。

但是，具体使用方式可能因地区和医院而有所不同。建议在使用医保亲情卡前，先咨询医院或当地社保部门的工作人员，了解具体的操作流程和使用规定。