石斛夜光丸的创始人存在争议。一种说法认为，石斛夜光丸始载于元代蒙古族医学家沙图穆苏编著的《瑞竹堂经验方》。

另一种说法认为，石斛夜光丸前身正是《瑞竹堂经验方》中的夜光丸，后明代医家倪维德以石斛夜光丸之名收载于自己所撰的《原机启微》中，两方的药物组成和功效基本相同。因此，石斛夜光丸的创始人可能是元代的沙图穆苏，或者明代的倪维德。