如果双方都同意不续签劳动合同，那么单位开具自动离职证明是合法的。但如果员工不同意离职，或者是单位无正当理由对员工进行解除劳动关系的话，开具自动离职证明是不合法的。所以，在签订劳动合同时应该仔细阅读和理解其中的条款，确保自己的权益得到保障。及时与单位沟通协商，尽可能争取自己的利益。