铁路工程师是否可以直接提拔为正科，取决于多个因素，包括其工作表现、单位的晋升政策、以及是否有合适的正科职位空缺等。一般来说，公务员或事业单位人员的晋升需要按照一定的程序和规定进行，包括考核、评审、公示等环节。因此，铁路工程师想要提拔为正科，需要符合相关条件，并通过正常的晋升渠道进行申请和评审。