工程合同认定标准主要包括以下几点：合同当事人具有相应的民事行为能力；双方意思表示真实；承包人取得建筑业企业资质；合同内容不违反法律规定，不违背公序良俗。

对于工程合同纠纷，可以通过和解、调解、仲裁或诉讼等方式进行处理。和解和调解可以在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷。仲裁和诉讼则是通过第三方机构或法院来解决纠纷的方式。如果需要强制执行，可以通过向法院申请的方式进行。