在学术论文中，参考文献的标注通常是采用特定的格式和规范，比如APA、MLA等，其中通常不包括标红等特殊格式。因此，将参考文献标红可能会影响论文的格式规范和专业性，但通常不会对论文的查重率产生影响。

查重系统通常会忽略参考文献等引用内容，主要关注论文主体部分的文本内容，因此参考文献标红通常不会被视为论文抄袭或剽窃的标志。然而，为了确保论文的专业性和规范性，建议在引用参考文献时遵循特定的格式和规范，不要进行不必要的特殊格式标注。