祁连山环境污染问题需要采取综合治理措施。首先，需要加强环境监管，严格执行环保法律法规，加大对违法企业的处罚力度。

其次，需要推进产业结构调整，发展绿色产业，减少高污染、高能耗企业的数量。同时，加强生态保护和修复，实施山水林田湖草系统治理，提高生态环境质量。此外，还需要加强宣传教育，提高公众环保意识，共同营造良好的环保氛围。只有全社会共同努力，才能有效解决祁连山环境污染问题。