香港探亲3个月多次往返是按照停留时间计算，每次入境最长停留不超过180天。例如，如果您每次入境后停留90天，那么您可以在3个月内多次往返，直到您的总停留时间达到或超过180天。需要注意的是，即便您的计划是在3个月内多次往返，边境官员也有权根据您的情况和记录来决定是否让您入境。因此，在计划行程之前，应该确保自己满足申请入境的条件，如有必要可向相关机构咨询。