在超星神3的大结局中，超星舰队最终击败了恶势力，守卫了宇宙和平。主角僵尸将自身力量转化为生命之源，为队员们复活，大家也在最后的战斗中发挥出自己的最强实力，取得了胜利。最后，超星舰队的队员们也各自回归自己的星球，离开了彼此，但他们的友情和荣耀将继续传承下去。