如果收到的纸质版专票丢失，可以按照以下步骤进行做账：
建立发票管理的台账，规范发票交接的手续流程以及追责机制。
建立发票开具审批流程，并在发票开具申请单注明经手人以及具体的经手时间。
如果丢失的是增值税专用发票，根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）规定，有具体的方法指导处理。如果是普通发票丢失，税务暂时没有明文规定，可以咨询当地税务机关。
通常的做法是取得开票方加盖财务章的存根联复印件，以此入账。实务中各地税务对于丢失发票怎么处理方法都不一样，最好详询当地税务机关。