《藤野先生》是鲁迅的一篇回忆性散文，被分成三部分的理由如下：

1.按照时间顺序：文章以时间为线索，依次描述了作者在日本留学期间与藤野先生的相识、相处和分别，层次分明，结构清晰。

2.突出主题：将文章分为三部分，有助于突出文章的主题。第一部分讲述了作者在东京的见闻和感受，反映了当时中国留学生在东京的困境和失望；第二部分详细描述了作者在仙台与藤野先生的交往，表达了作者对藤野先生的感激和敬意；第三部分讲述了作者离开仙台后对藤野先生的怀念和反思，深化了文章的主题。

3.方便阅读：将文章分为三部分，可以使读者更加方便地阅读和理解文章内容。每一部分都有一个明确的主题和重点，读者可以更加轻松地把握文章的主要内容和思想。

综上所述，将《藤野先生》分为三部分，是为了更好地表现文章的主题和结构，方便读者阅读和理解。