若违法行为人有破坏绿化树木的行为的，则行政机关可以对其按照以下规定进行处罚：

1.擅自砍伐城市树木的，由城市人民政府城市绿化行政主管部门或者其授权的单位责令停止侵害，可以并处罚款；

2.造成损失的，应当负赔偿责任；

3.应当给予治安管理处罚的，依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的有关规定处罚。