将50万元存入支付宝，从安全性角度来说是比较安全的。支付宝作为阿里巴巴集团旗下的第三方支付平台，已经建立了相对完善的安全保障体系。

然而，需要注意的是，支付宝中的资金主要受到《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国电子签名法》等法律法规的保护，但并没有《中华人民共和国存款保险法》的保护。这意味着，如果支付宝出现经营风险，用户的资金可能存在损失的风险。

另外，虽然支付宝本身的安全性较高，但用户自身的操作安全也需要重视。例如，不要轻易泄露支付宝账户、密码等敏感信息，不要在不安全的网络环境下使用支付宝等。

总之，将50万元存入支付宝相对安全，但需要注意操作安全，避免因个人操作不当导致资金损失。如有疑虑，可以考虑分散投资，降低风险。