西、南、北三面环山,东面为狭窄谷地。地势西高东低,平均海拔3900米左右,最高海拔6450米。琼结县位于西藏自治区南部、雅鲁藏布江中游南岸的琼结河谷地。西、南、北三面环山，东面为狭窄谷地，地势西高东底。

属高原温带半干旱季风气候区，主气候特征为日照时间长、干湿季分明，降水集中，气候干燥，冬春多大风。年平均气温为6.5℃，极端最高气温为28.9℃（2005年7月31日出现），极端最低气温为-16.8℃（2008年2月2日出现），年日照时数为2635.8小时，年平均降水量为435.9毫米，降水主要集中在5-9月雨季，夜雨为主，昼夜温差加大。初霜日为9月27日，终霜日为4月5日，初终日数为167天，无霜期165天，年平均雷暴日数为76天，年平均大风日数为60天。