异地早产新生儿住院费用可以通过医保报销和商业保险报销两种方式来处理。

首先需要确保医保和商业保险均覆盖这种情况，然后根据不同保险的报销比例，将相关医疗费用保留好发票和相关证明材料，提交给医保和商业保险公司进行报销。

如果医保和商业保险的报销比例不够，还可以考虑申请救助基金或者向亲友筹款。在处理报销过程中，需要注意相关的政策和规定，确保申请流程正确无误。