西行纪如来与阿修罗的大结局是：阿修罗因建造万妖炉而元气大耗，之后被天者吸收神之子并蜕变成冥王啻非天，重创了阿修罗。

阿修罗的灵魂被禁锢在万妖炉内，成为一具没有自我意识的活动兵器，专职镇守万妖炉。而如来在这一战中并未直接参与，但阿修罗的败局也间接影响了他与西行小队的计划。