北元不能统一的真正原因比较复杂，需要结合当时的历史背景和政治、军事、经济等方面的因素综合考虑，以下是可能的原因：

1. 内部分裂和争斗。北元存在不同利益集团之间的矛盾和争斗，其中包括政治上的争斗、军事上的争斗和经济上的争斗等。

2. 西方入侵和压迫。北元时期正值欧洲殖民主义在亚洲的活跃期，西方列强不断入侵，北元面对的压力非常大，尤其是对抗朝鲜和日本。

3. 中央集权和地方割据。北元统治区域辽阔，涵盖了包括蒙古、中亚、西伯利亚等地区，加之当时的通讯、交通等条件较为落后，难以实现中央集权，同时各地的割据也使北元统一难度增大。

4. 经济困难和人口流失。北元时期经济发展缓慢，与此同时，受到外部压力和内部争斗的影响，人口也普遍流失，这些都对北元统一造成了不利影响。

综上所述，北元不能统一的原因是多方面的，是政治、经济、军事、社会、民族等多种因素综合作用的结果。