刺身鱼雕通常使用新鲜的海鱼作为主要材料。其中，常见的有金枪鱼、鲷鱼、比目鱼、鲣鱼、鲈鱼和鲻鱼等。尤其是比目鱼，其肉质细嫩而洁白，味鲜美而肥腴，被认为是最好的白身鱼，特别是在每年的11月至来年2月，是比目鱼的最佳赏味期。此外，也有一些厨师会用鲤鱼、鲫鱼等淡水鱼来做刺身。此外，用于刺身的还有一些螺蛤类食材，如螺肉、牡蛎肉和鲜贝。然而，真正顶级的刺身用鱼，比如黑鲔（又名蓝鳍金枪鱼）、太平洋蓝鳍金枪鱼、大西洋蓝鳍金枪鱼、南方蓝鳍金枪鱼（又名印度金枪鱼）等，它们的口感和色泽都堪称上乘。