马来西亚燕窝和印尼燕窝在加工工艺、燕丝粗细、颜色、口感等方面存在一些区别：
加工工艺。马来西亚燕窝的加工一般以湿挑为主，挑毛工人用湿毛巾将燕窝沾湿，待细丝燕窝充分吸水后再挑毛，挑完后再风干。而印尼的粗丝燕窝一般以干挑为主，直接从燕窝上挑出杂质，再进行风干。
燕丝粗细。马来西亚燕窝一般丝较细，丝与丝之间分离明显，裂隙较多并可以见里层小细丝。印尼燕窝盏外表呈粗丝状粘结，丝丝饱满粗壮。
颜色。马来西亚燕窝颜色偏白，口感比较绵滑。印尼燕窝颜色偏米白或米黄。
口感。马来西亚燕窝更黏稠多汁。印尼燕窝更光滑，更耐嚼。